Die Hofanlage des Birkhofes wurde Ende des 17. Jahrhunderts in einem Güterverzeichnis des Deutschen Ritterordens erwähnt. Darin wird berichtet, dass der Hof bereits 1378 existierte. Zuvor dürfte der Birkhof im Besitz des Pfullendorfer Rittergeschlechts Gremlich gewesen sein, die im Jahr 1300 das Rittergut Zußdorf
gekauft hatten. 1783 kam der Hof zum Haus Fürstenberg-Heiligenberg.

Im Jahre 1802 heiratete Conradus Reichle auf den Birkhof ein. Wenige Jahre später wurde er als Vogt des Badischen Amtes Illwangen eingesetzt. Bis im Jahr 1901 das Rathaus im benachbarten Höhreute gebaut wurde, war der Birkhof Mittelpunkt der Gemeinde Illwangen.

Im Jahr 1853 handelte Konrad Reichle mit dem Oberamt Heiligenberg einen Ablösungsvertrag aus: Für 3.136 Gulden und 32 Kreuzer wurde er Eigentümer des Hofes. Auf diese Weise befreiten sich zahlreiche Bauern in dieser Zeit von den seit Jahrhunderten bestehenden Pflichten gegenüber den Feudalherren, etwa der Zahlung des Zehnten und der Verpflichtung zu Dienstleistungen.

In der Nähe des alten Kirchwegs vom Birkhof nach Pfrungen steht eine Eiche, die im Jahr 1584 als „Birkhofers Aichlin“ eine besondere Bedeutung erhielt: Der damalige Bürgermeister der Stadt Pfullendorf, Marx Mohr, wollte die Grenzen der Illmenseer Besitzungen rechtlich absichern. Zu diesem Zweck ritt er die entsprechenden Strecken ab. Als Zeugen nahm er drei Knaben mit: Sie sollten sich wichtige Stellen merken und gegebenenfalls später Zeugnis darüber ablegen. Die Eiche war einer der Grenzpunkte zwischen den Hoheitsgebieten der Reichsstadt Pfullendorf mit Illmensee und der Deutschordenskommende
Altshausen, zu der Pfrungen gehörte. 1806 wurde Birkhofers „Aichlin“ (junge Eiche) Bestandteil der Grenze zwischen Großherzogtum Baden und Königreich Württemberg. Heute steht sie unter Naturschutz.